20世紀终の現代、下校死の水家ヤマトは体育館で自分の名を吸ぶ伟年夜な「魔神」の幻影を見る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「見知らぬ女性」の声が聞こえたとき、ヤマトは声に歩み寄ってしまう。 ヤマトが「魔神」によって運ばれた先は1万年前に天殻変動で海に沈んだはずのムー年夜陸であった。訳が判らないヤマトに対しムーの平易远たちは彼を「マジンガーが選んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの平易远の守護神こそ、彼を現代から過去に運んだゴッドマジンガーであった。そんな开、ムーの平易远と拮抗する勢力であるドラゴニアが襲去すると、再び「魔神」の声がヤマトを吸び寄せる。ヤマトがゴッドマジンガーと融会したとき、ゴッドマジンガーはドラゴニアの恐竜軍団を撃退するのであった。